近年来，医学发现，肺脏有一套微生物菌丛，虽然比肠内菌丛小，却是攸关健康与疾病的独特微生物体系；未来治疗疾病前，可望透过体内菌丛筛检，建立起独一无二的微生物地理资讯系统。

生活环境　影响肺内菌、微生物

「肺内菌／肺内微生物」涵括的范围不只是细菌，还包括了真菌及病毒。肺部疾病可能伴随着肺部菌丛异常（Dysbiosis），而菌丛异常是指微生物生态失衡，造成菌丛异常的因子，例如使用抗生素、免疫疾病、日常饮食，生活环境也会影响个人的肺内菌组成。

接触农场生活　阿米希人不容易过敏

一篇刊登于《新英格兰医学期刊》的研究，比较阿米希人及哈特人（註）的孩童气喘过敏盛行率；结果发现，阿米希人从小暴露在有动物及尘埃的农场环境，肺内微生物能够对付气喘，奠定了不容易罹患过敏的体质，而哈特人则缺乏肺内微生物讯号，无法抵御气喘发作。

肺内微生物　专家提两方法

吉柏特博士（Jack Gilbert, PhD）提出两种善用肺内微生物体的模式。第一，将病人分层，建立病人肺微生物体、免疫系统，以及病史资料库，利用人工智慧深度学习方式，辨识肺内微生物间的交互作用；第二，对微生物进行介入，了解诱发疾病及抑制的微生物，并发展出操控的方式。

肺内微生物可能影响肠内菌

另一篇刊登于《美国医学会期刊》的研究显示，肠内菌可能会影响气喘与囊肿性纤维化的发炎情况。怀特医师（Steve White,MD）认为，肺内微生物可能影响肠内菌，并改变其菌丛组成，肺、肠两套微生物体的交互作用值得探讨。

（註）由于信仰的原故，哈特教派与阿米希两个族群相对地较为封闭，一直与外界保持隔离。生育繁衍的对象也以族群内部为主。两者生活型态近似，皆为务农。